13-րդ դարի վերջին Ստեփանոս արք. Օրբելյանը Արատեսի վանքը իր կալվածքներով հանձնել է Նորավանքինn, իսկ 1301 թ-ին վանքին է նվիրել Գեղարքունիք գավառի ութ գյուղ: Վանքում 1303 թվականին Խաչատուր Երզնկացին ընդօրինակել է Գրիգոր Նյուսացու «Մեկնութիւն ժողովողին» աշխատությունը: Վանքի տարածքում կան 10–17-րդ դարի խաչքարեր և տապանաքարեր: Արատեսի վանքի Սբ. Սիոն միանավ թաղածածկ եկեղեցին ունի երեք ավանդատուն՝ խորանի երկու կողքերին և հյուսիսային պատին կից: Նրանից հարավ Ս. Աստվածածին եկեղեցին է, որը մեկ զույգ որմնամույթերով գմբեթավոր դահլիճ է: Նրա և Ս. Սիոն եկեղեցու միջև 13-րդ դարում կառուցվել է քառակուսի հատակագծով, արևելքում՝ զույգ ավանդատներով գավիթ: Ս. Աստվածածին եկեղեցու արևմտյան ճակատին կից 1270 թվականին Հայրապետ աբեղան գավիթ է կառուցել ՝ փոխհատվող կամարների կիրառմամբ իրականացված ծածկով, որի կենտրոնում շթաքարային մշակումով երդիկով գմբեթն է : Վանքին 1073 թվականին ոմն Արտավազդ նվիրել է Եղեգիսի այգին և կալվածքներ: 1220 թվականին իշխան Վասակ Խաղբակյանը Արատեսի վանքի պատին արձանագրել է Վայոց ձորի ամրոցների ազատագրման փաստը:
